Les contrôleurs des douanes appartiennent à la catégorie B des fonctionnaires de l’état.Leurs fonctions varient selon la branche à laquelle ils appartiennent  (le texte suivant est tiré du site du ministère des finances) :

Dans la branche du contrôle des opérations commerciales et d'administration générale : contrôleur à la vérification des marchandises - responsable de l'application des droits et taxes et du contrôle de l'accomplissement des formalités douanières auxquelles sont soumises les marchandises ;
enquêteur au sein d'une équipe chargée de la vérification et du contrôle des opérations effectuées par les sociétés entretenant des relations commerciales avec l'étranger ;
informaticien - les agents ayant obtenu la qualification de programmeur ou de pupitreur exercent leurs fonctions dans un centre informatique ;
contrôleur chargé de travaux administratifs à la direction générale ou dans les services déconcentrés ;
comptable : il peut se voir confier la gestion d'une recette locale des contributions indirectes ;
correspondant(e) social(e) - son action s'exerce dans le domaine sanitaire et social au profit des fonctionnaires des douanes, il assure la liaison avec les autres services sociaux du département.

Dans la branche de la surveillance :
Les agents affectés dans une brigade, unité de base dans cette branche de fonctions, sont soumis à l'obligation du port de l'uniforme et d'une arme de service. Parmi les brigades, on distingue :
les brigades fixes de contrôle, qui sont chargées du contrôle des voyageurs et de leurs bagages, des marchandises en mouvement et des moyens de transport, aux points de passage aéroportuaires, autoroutiers et ferroviaires des frontières extérieures (non-communautaires) ;
les brigades de surveillance et d'intervention, réparties sur l'ensemble du territoire national qui sont chargées de la surveillance d'une zone déterminée ;
les brigades de recherche, qui sont chargées du recueil de renseignements sur la fraude ;
les unités aéronavales, composées d'agents spécialisés - marins et aviateurs - elles ont pour mission la surveillance en mer ;
les brigades de surveillance aéroterrestre.
Chef d'unité, le contrôleur encadre les personnels placés sous sa responsabilité et anime leur action de surveillance douanière du territoire. Il procède par ailleurs à l'application des droits et taxes ainsi qu'au contrôle de l'accomplissement des diverses formalités fixées par les lois et règlements.
Des emplois spécialisés sont réservés à certains agents, dont la candidature a été agréée à l'issue